علی یونسی در محافل امنیتی با نام مستعارعلی ادریسی( دستیار ویژه رئیس جمهور ایران،حسن روحانی) در امور اقوام و اقليت‌های ديني
و مذهبی است. او همچنین چهارمین وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی ایران پس از استعفای اجباری قربانعلی دری نجف آبادی در دولت سید محمد خاتمی بوده‌است.
در پاییز
و زمستان ۱۳۶۲ خورشیدی، وی در مقام ریاست شعبه دادگاه نظامی، بیش از ۱۰۰ نفر از اعضای
شبکه مخفی و نظامی حزب توده ایران و ۳۰ نفر
از اعضای سازمان فداییان، شاخه اکثریت را محاکمه ، و برخی را از جمله بهرام افضلی فرمانده
نیروی دریایی ایران، بیژن کبیری فرمانده نیروهای هوابرد (کلاه‌سبزها)،هوشنگ عطاریان
از فرماندهان عالی‌رتبه جنگ و مشاور وزیر دفاع، حسن آذرفر استاد دانشکده افسری و معاون
پرسنلی نیروی زمینی، شاهرخ جهانگیری عضو مشاور کمیته مرکزی حزب کمونیست ایران و از
مسئولان سازمان نوید، ابوالفضل بهرامی‌نژاد، محمد بهرامی‌نژاد، فرزاد جهاد، غلام‌رضا
خاضعی، و خسرو لطفی از کادرهای مخفی حزب توده ایران به جوخه اعدام سپرده شدند.
حمله به کوی دانشگاه در سال ۱۳۷۸ و
کشتار و ضرب و شتم وحشیانه‌ی آنها که لکه‌ی ننگی است بر پیشانی حاکمیت ایران در
زمان وزارت علی یونسی اتفاق افتاد!
